日常生活用水以及工业生产中用水都是以天然水为水源，经过超纯水系统过滤，除去水中所含的杂质以达到相关用水领域的水质要求。

　　一般来说，超纯水系统选择的水源首先考虑地下水，如果地下水水量不足，水质不能满足要求时，然后才考虑地面水，地下水特别是深层地下水比地面水有下列优点：

　　1、深层地下水大都先经过较长距离的砂层，进行了天然的过滤，所以水质清澈，几乎没有细菌，选用这样的水源，使得超纯水系统制备纯水的效率更高。

　　2、地下水的温度比较稳定，终年保持在一定的范围之内，即使在夏季，水温也不受影响，因此经过超纯水系统制备之后，用于像工业冷却水用水很合适。

　　3、由于河流受洪水影响常带有大量的泥沙，造成处理上的困难，另一方面，地面水暴露在大气中，容易受到污染，不经过超纯水系统制备不能直接应用在一些对水质要求很高的行业中。

　　当然地下用水也存在缺点，比如含矿物质较高，如果直接拿来作为工业用水的话，不符合水质要求，同时，地下水的开采比较麻烦。超纯水系统的水源可以使地面水、地下水或者是一般的天然水，超纯水系统这些源水通过特殊工艺的处理之后，得到至纯的超纯水。